1935年7月30日省立农学院收到四川省教育厅通知：“奉教育部电令将省立农工两院，分别派员接收”。“省立农学院并入国立四川大学”。同时也将重庆大学农学院并入。四川省立农学院于九月初由四川大学接办，重庆大学农学院学生经甄别核定后进入四川大学学习。
1935年8月教育部任命任鸿隽为四川大学校长，任校长于9月2日到校视事后，聘请曾省(曾省之)教授担任四川大学农学院院长。
1938年7月初，曾省院长辞职，7月21日董时进教授任院长。1939年1月，董院长因抵制程天放任四川大学校长弃职离校。1939年7月6日王善栓教授任院长。
1942年8月王善栓院长辞职，11月3日由彭家元教授任院长，直至1949年12月底。
四川省立农学院并入四川大学时仅设有农林系一系，1935年11月11日，川大第一次校务会议审议“四川大学组织大纲及组织系统图”时，正式决定将农林系分开没立农学系(1939年经教育部批准，改名为农艺系)和森林系。
1936年6月，增设园艺系、植物病虫害系。并在农学系下设畜牧兽医、农业化学和农业经济三个组。聘请杨允奎、程复新、毛宗良，朱健人等教授分别担任农学系、森林系，园艺系，植物病虫害系的系主任。
1939年2月，教育部批准增设蚕桑系，聘任高正禧教授为系主任。
1942年12月11日，院务会议审议通过，将农业经济组改为农业经济系，报经教育部批准后，农业经济系于1943年9月正式成立。川大教务处规定，农艺系新生及二、三、四年级旧生向注册组申请登记，经批准者，亦可转入农业经济系。1944年1月，聘请刘运筹教授担任系主任。
1944年8月5日，教育部批准四川大学农学院增设农业化学系。同月，聘请陈朝玉教授担任农业化学系主任。
1948年4月16日，农艺系畜牧兽医组经教育部批准改设畜牧系，聘请陈之长教授为畜牧系主任。6月1日，学校同意畜牧系除招收新生外可增设二年级。9月22日，农学院决定农艺系，园艺系、农经系三系已读完一年级的学生，有志于研究畜牧的，可到注册组和畜牧系登记，办理转系手续。
任鸿隽校长在校期间，极为重视对任课教师的聘请，他把聘任知名教授作为办好学校的第一件大事，多方设法礼聘知名专家学者来校任教。如接任后立即聘请曾省(昆虫学)为农学院院长、教授，又先后增聘沈嗣庄(农业经济学)、毛宗良(园艺学)、朱健人：(昆虫学)、阎玫玉(植物病理学)，杨允奎(作物遗传学)，佘耀彤(造林学)、程复新(木材学)、杨开渠(稻作学)、曾宪朴(蔬菜学)、李驹(庭园没计)、董时进(农业经济学)、杨礼恭(农业经济学)、张松荫(养羊学)等教授。
抗日战争期间，沦陷区的大学教员纷纷撤退，云集西南，农学院不断扩大，增设了新的学系，先后礼聘王善栓(棉作学)、侯光炯(土壤学)、彭家元(土壤肥料学)，邵均(测树学)、于景让(遗传学)、兰梦久(土壤学)、夏之骅(植物营养学)，陈朝玉(营养化学)，林孔湘(植物病理学)李相符(森林学)、刘运筹(农业经济学)，任乃强(中国农业史)，杨志农，(植物病理学)，李荫桢(森林生态学)等一大批知名专家来校担任专任教授，并聘请在蓉兄弟院校和科研机构的知名专家担任兼任教授。这些名教授来校后，提高了教学质量，浓厚了学术空气和提高了农学院的知名度。
为使教员聘任制度化，1941年川大制定“教员聘任规则”，对教师每周授课时数规定为9—12学时，不满9学时者，作兼任对待。在外校兼课者，应为学术上需要，每周不得超过3学时。
以后，又实行教员联聘制和终身聘任制。农学院曾省首先被聘为终身教授。
1945年抗日战争取得了伟大的胜利。一些内迁来川的外省，外地学校，陆续迁回原地。川大农学院兼任教授亦随校迁回，但7系专任教师则较稳定。据统计，1945年教师人数共50人(不包括公共课、基础课的教师)，其中教授19人，副教授3人，讲师5人，助教20人，技士3人。
1946年6月，又增聘一些知名的教授如；何文俊(植物病理学)、朱剑农(土地经济学)，曾慎(农产制造学)、赵烈(蚕桑学)、陈之长(兽医学)、李曙轩(蔬菜学)施有光(农产制造学)、吴文安(家畜解剖学)、张传琮(畜牧学)等.
1948年10月，全院发展到8系，共有教师79人(不包括公共课、基础课的教师)其中教授28人，副教授5人，讲师12人，助教34人。比1945年增长了58%。
国立四川大学农学院时期，农学院各系的基础课和部分专业基础课均由川大文学院、理学院教师担任。如外国语由外文系教师担任；国文由中文系教师担任，动物学，植物学、地质学，植物生理学由生物系教师担任，无机化学、分析化学，有机化学由化学系教师担任；物理学由物理系教师担任；高等数学由数学系教师担任。这对加强学生的基础理论和基本技能，提高教学质量，起到了极其重要的作用。
随着新系建立，学生人数也逐年增加，1936年上期期末统计，全院各系各年级共计65人，其中农艺系41人，森林系12人，园艺系9人，植病系3人。1948年上期期末统计，全院各系各年级共515人，其中农艺系113人，森林系41人，园艺系37人，植病系20人，蚕桑系36人，农经系100人，农化系38人。学生总人数1948年比1936年增长了近七倍。
农学院并入国立四川大学后的十多年来，系的增没，教师阵营的扩大，学生人数的倍增，、都显示了农学院办学规模逐渐发展壮大，特别是农学院未受到抗战轰炸和搬迁损失，一直在成都办学，因此教学科研水平得到提高，新聘的教授中，不少曾留学欧美。这对于开展学术交流，广泛吸取东西各国的先进科学技术，提高学院学术水平都具有较大的作用。
国立四川大学农学院的校址仍沿用四川省立农学院旧址，与四川大学新划校址的北面合界。